Οι περιπτώσεις δόλιων πρακτικών (food fraud) και νοθείας των τροφίμων συνίστανται στην αντικατάσταση ακριβότερων ειδών με άλλα φθηνότερα, εσφαλμένη σήμανση προέλευσης (εγχώρια ή εισαγόμενα) και προσμίξεις ή αντικαταστάσεις σε μεταποιημένα/κατεψυγμένα προϊόντα. Το πρόγραμμα Oceana διεξήγαγε μία από τις μεγαλύτερες έρευνες για την καταπολέμηση της απάτης παγκοσμίως, συγκεντρώνοντας πάνω από 1.200 δείγματα από 674 καταστήματα λιανικής πώλησης σε 21 κράτη, για να διαπιστώσει αν τα προϊόντα αυτά ήταν ορθώς επισημασμένα. Ο έλεγχος DNA έδειξε ότι το 33% των δειγμάτων θαλασσινών είχε εσφαλμένη σήμανση σύμφωνα με τον FDA. Στην έκθεση (2013) της Επιτροπής Περιβάλλοντος, Δημόσιας Υγείας και Ασφάλειας των τροφίμων της ΕΕ «Απάτη – νοθεία σε τρόφιμα και δόλιες πρακτικές στην εφοδιαστική αλυσίδα Διαπιστώσεις –προτάσεις αντιμετώπισης» αναφέρεται ότι τα ψάρια κατατάσσονται δεύτερα μεταξύ των τροφίμων που διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο απάτης, εφόσον είναι δύσκολο για τον καταναλωτή να αναγνωρίσει τα διαφορετικά είδη μορφολογικά και η πώληση συσκευασμένων φιλέτων ή τυποποιημένων προϊόντων καθιστά αδύνατη την οπτική αναγνώριση τους. Το 2015, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή οργάνωσε ένα σχέδιο ελέγχου, όπου εντοπίστηκαν πολυάριθμες μη συμμορφώσεις κυρίως σε προϊόντα που δηλώθηκαν ως μπακαλιάροι. Λαμβάνοντας υπόψη τον αριθμό των δειγμάτων ανά ομάδα, οι μη συμμορφώσεις ήταν περισσότερες στα ακριβά είδη Epinephelus και Solea.
Ο Ελληνικός τύπος συχνά αναφέρεται στα προβλήματα όπου εισαγόμενα ψάρια αναφέρονται ως Ελληνικά. Λόγω της μεγάλης ζήτησης, οι εισαγωγές είναι απαραίτητες και νόμιμες και η παράβαση γίνεται όταν οι έμποροι, εκμεταλλευόμενοι την προτίμηση του Έλληνα καταναλωτή βάζουν την Ελληνική ταμπέλα στα εισαγόμενα. Μπορεί να είναι ένας δρόμος με τον οποίο παράνομα, μη καταγεγραμμένα και μη ελεγχόμενα προϊόντα υπεραλίευσης απειλούμενων ή ευάλωτων ειδών εισέρχονται στην αγορά και πωλούνται στους καταναλωτές, ειδικά με τη μη αναγνωρίσιμη μορφή του «φιλέτου ψαριού», με τεράστιες συνέπειες στο θαλάσσιο περιβάλλον. Παράλληλα, η νοθεία στα ψάρια και η ακατάλληλη σήμανση ενός προϊόντος μπορεί να θέσουν σε κίνδυνο την υγεία του καταναλωτή, ιδίως όσον αφορά τα ψάρια που περιέχουν ειδικά αλλεργιογόνα.
Οι έντονες ομοιότητες που παρουσιάζουν το φαγκρί, η συναγρίδα και συγγενικά είδη, έχει ως αποτέλεσμα την πώληση τους με το ίδιο όνομα. Έχει παρατηρηθεί αντικατάσταση σφυρίδας και ροφού από τον βλάχο και την πέρκα του Νείλου που έχουν χαμηλότερη αξία. Τα είδη της οικογένειας Soleidae πωλούνται σε μεγάλο βαθμό επεξεργασμένα ή νωπά/κατεψυγμένα φιλέτα με αποτέλεσμα σε πολλές περιπτώσεις πλατύψαρα χαμηλότερης τιμής να παρουσιάζονται ως ψάρια με υψηλότερη τιμή, όπως η κοινή γλώσσα. Στο χέλι έχει βρεθεί παράνομο εμπόριο από την Ευρώπη στην Ασία με σκοπό τη μεγαλύτερη τιμή πώλησης, ενώ για το Ευρωπαϊκό χέλι απαγορεύονται οι εξαγωγές και εφαρμόζονται διαχειριστικά σχέδια για την προστασία των αποθεμάτων. Μεγάλο ποσοστο νοθείας έχει βρεθεί στον Ευρωπαϊκό μπακαλιάρο με αντικατάσταση του κυρίως με είδη μπακαλιάρου από την Αφρική και επίσης υπάρχουν ενδείξεις ότι τα αποθέματα του υπεραλιεύονται. Η κουτσομούρα και το μπαρμπούνι, που είναι αυτόχθονα στη Μεσόγειο, αναμειγνύονται και πωλούνται μαζί με Λεσεψιανούς μετανάστες που εποικίζουν τη Μεσόγειο. Ως εκ τούτου, κρίνεται σκόπιμος, ο έλεγχος της αυθεντικότητας των αλιευμάτων με χρήση μοριακών τεχνικών και προσεγγίσεις φυλογενετικής ανάλυσης για τα εμπορικά είδη φαγκρί, συναγρίδα, σφυρίδα, ροφός, γλώσσα, χέλι, μπακαλιάρος, μπαρμπούνι και κουτσομούρα. Η ενημέρωση του καταναλωτή είναι βασική στην πολιτική της ΕΕ για τη διαχείριση της αγοράς των προϊόντων αλιείας και υδατοκαλλιέργειας, που αποτελεί έναν από τους πυλώνες της κοινής αλιευτικής πολιτικής, καθώς και ο έλεγχος της αλιείας. Για τους λόγους αυτούς η ΕΕ προωθεί την ανάπτυξη μοριακών εργαλείων για την ανίχνευση νοθείας των ιχθύων και την ενημέρωση ιστότοπων με δεδομένα DNA αλληλουχιών οργανισμών διαφορετικής γεωγραφικής προέλευσης.